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当前位置:小木虫 >> 生物科学 >> [求助]Northern杂交无信号

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[求助]Northern杂交无信号


作者: evehua    发布日期: 2008-03-15

特异引物合成的cDNA片段长度约600bp,转化为质粒,质粒碱处理后, DIG PCR标记其作为探针,杂交RNA,结果无信号
直接用胶回收纯化的cDNA片段作模板,DIG PCR标记其作探针,杂交RNA有信号,且信号很强.用此cDNA转化为质粒,随机取三个测序,皆为同一个已知序列,再将质粒碱处理之后做地高辛探针,杂交RNA无信号.
哪位大侠能够帮忙分析一下此现象的原因.
怎样才能用DIG PCR标记质粒cDNA作探针杂交RNA有信号呢?

[ Last edited by johnsooh on 2007-7-16 at 17:45 ]
相关回复:

作者: qinfujun   发布日期: 2007-01-29
为什么要转化为质粒,你的质粒长度有多大,如果有几KB以上的话,当然不好了,特别是你如果用随机引物合成探针,那么绝大部分是质粒的片断,所以信号弱或无信号.
相反,用600bp的 cDNA做模板合成探针,不管片断大小,所有的产物都是探针!当然信号强.
个人观点

作者: evehua   发布日期: 2007-01-29
因为要把600bp的片段连接到载体质粒上面,然后导入感受态细胞,进行克隆,将培养的菌液拿去测序,证明是目的基因就将将此菌的质粒作为模板,用合成片段的特异引物合成探针.这样就能保证探针是目的基因.
谢谢哦!给我提供了另一个思考的角度.:)

作者: qinfujun   发布日期: 2007-01-30
可是,你可以测序以后,用载体质粒上的酶切位点,将目的基因片断切下来,然后作为模板来合成探针,记住,绝对不应该用质粒做模板去合成探针!!!!

作者: evehua   发布日期: 2007-01-30
因为目的基因片段中有酶切位点,酶切之后得不到片段全长.该怎么办呢?

作者: qinfujun   发布日期: 2007-01-31
没有必要全长啊,300bp也可以啊,不是非要全长,能杂交上就行(当然片断要特异,不要存在高度同源)

作者: evehua   发布日期: 2007-01-31
酶切之后得到小于原来长度的片段,这样也可以回收纯化用来做探针吗?
原来的上下游特异引物只能有一个能匹配上切下来的这一段啊

作者: 追风筝的人   发布日期: 2007-07-15
降低洗膜温度试试看

作者: glucidum   发布日期: 2007-07-16
以测序正确的质粒为模板,用你的引物把cDNA序列扩增出来,然后回收PCR产物作为DIG标记的模板即可.这样模板量可以比较高,纯度也很好.

作者: dongzw   发布日期: 2007-07-16
来了解一下了

作者: dongzw   发布日期: 2007-07-16
QUOTE:
Originally posted by glucidum at 2007-7-16 04:23 PM:
以测序正确的质粒为模板,用你的引物把cDNA序列扩增出来,然后回收PCR产物作为DIG标记的模板即可.这样模板量可以比较高,纯度也很好.
好办法...

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