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[求助]pcr扩增不出来,请各位大虾帮帮忙


作者: yaoqian622    发布日期: 2008-03-15

我在做一种禾本科植物狗牙根的RAPD,反应体系和反应循环都是发表的论文里的。但现在怎么也批不出来。希望各位高手能给我些指点。十分感激!
1.我提的DNA有亮带但存在拖尾现象,这是不是主要原因?
2.我的dNTPS,Mg+,Taq酶,buffer都是06年年初买的,但一直放在-20度,这些药品会不会对实验有很大影响?
3.我的反应体系中引物的浓度是pmol/ml,请问各位做植物pcr的大虾这个浓度和umol/ml怎么换算?引物浓度过底了是不是也会影响扩增?
扩增程序:
94℃ 预变性8分钟
94 ℃变性45秒
36 ℃退火1分钟        40个循环
72 ℃延伸2分钟
72 ℃延伸10分钟以充分反应,反应后置于4℃下
反应体系(25ul):
10 X buffer:2.5ul
Mg+(25mmol/L):2.0ul
dNTPs(10mmol/L,each):0.5ul
Primer(10pmol/ul):0.5ul
DNA polymerase(IU/ul):1.25ul
Template(10ng/ul):1.5ul
ddH20:16.75ul

[ Last edited by telomerase on 2007-12-5 at 15:26 ]
相关回复:

作者: johnsooh   发布日期: 2007-01-28
你说的P不出来我只能猜测是什么目标条带没有P出来,你应描述细致一些,比如是否有Dimer存在?
换新Taq试一下,其他试剂比如dNTP mix 是否有反复冻融?如果没有,那么影响不大,如果仍然不幸没有P出来,那先排除试剂问题几率.检查实验操作是否规范,是不是糊涂到忘记加其中的某一种?呵呵,当然这个不可能;) 反应体系和反应条件只是优化使你P的更好,什么都没有不会没有hotlid吧
提取的DNA有拖尾是正常现象,因为常用方法不可能提取的那么完美纯净,对于用来"PCR肯定会有影响但不至于是这样致命的,什么都没有
至于引物浓度高低都会影响P,具体与Template 的比例请参考相关分子克隆资料.

作者: phyllislhy   发布日期: 2007-01-29
你在最初的实验过程中是否设立了阳性和阴性对照,如模板、dNTP、Taq酶等等?另外,文献上的条件并不一定适用于你自己的实验,应该稍微变换一下条件摸索一下:D

作者: yunfuhualei   发布日期: 2007-02-01
首先要确定你的模板是正确的;然后验证你所用的体系,用你的体系去扩增已知的能扩增出的模板,看你的体系中的东西是否会影响结果;最后摸索反应条件,不一定文献上的条件都能做出来的,可以多做几个温度梯度,还有就是要摸一下引物和模板的比例,这也可以做几个梯度试一下.不知有没有帮助.祝你好运!

作者: yaoqian622   发布日期: 2007-02-04
:)多谢几位的帮助,我在以后的实验中会注意这些问题。现在准备更换药品尝试一下。
变换反应循环和体系混合物的浓度。

作者: wanglei_ibcas   发布日期: 2007-02-26
1umol/ml=1000,000pmol/ml

作者: wanglei_ibcas   发布日期: 2007-02-26
你用了多少对引物去尝试?多用几对引物,如果还是没有结果,就要挨个分析每一反应底物。逐个换一下,或者先用别人的模板试试,先证明你的反映体系各反应成分是对的

[ Last edited by wanglei_ibcas on 2007-2-26 at 16:45 ]

作者: eleenjane   发布日期: 2007-03-02
可能是反应体系的问题吧。

作者: huofuman   发布日期: 2007-03-13
用同样的试剂扩一下其它的DNA看看,多做几个
如果其它的DNA能扩出带来,则有可能是你的狗牙根DNA有问题

作者: diaoxia   发布日期: 2007-03-15
应该是TAQ的问题,还在用加Mg2+的引物呀,建议用纽英伦的酶,我用的不错..

试试降低退火温度...你合成引物的时候,供应单位应该提供给你稀释方法的..另外,

不要用国产的PCR管.和PCR仪接触有问题.

作者: shinevip   发布日期: 2007-04-16
程序设置有问题,应该在延伸2分钟后设置循环

作者: jiasanlin   发布日期: 2007-04-17
如果是怀疑程序问题,有条件的去做一下梯度pcr,会节省不少时间。如果没有去试一试touch down。

作者: feehy   发布日期: 2007-04-18
浓度太高也会影响

作者: sg1150cn   发布日期: 2007-04-18
让别人做一下试试,可能跟加样品的顺序,或加样的方式有关!

作者: happy虫虫   发布日期: 2007-04-18
我原先也遇到过这样的问题,后来排查后发现原来是引物时间过久,降解掉了,换了新引物就可以了。建议可以合成新的引物试试

作者: zyqdyk   发布日期: 2007-04-18
可以试一下 是不是 模版加多了,相应的抑制剂就多了,减少可以试试

作者: pqwang99   发布日期: 2007-06-30
送外面公司做做看能否出结果.

作者: deardeer   发布日期: 2007-07-15
酶浓度太高了.RAPD对DNA的质量要求不是太高,DNA浓度更是不能太高.

作者: jiliu1036   发布日期: 2007-07-21
Primer(10pmol/ul):0.5ul
是你笔误 还是你只加上游或下游一种引物啊?
试下热启动能不能扩出来?
对了你转录有没有跑个内参看一下,确定你转录成功了?

作者: fw1980613   发布日期: 2007-11-10
我觉得你的问题的关键还是在你所参照的文献上。
你参照的文献是什么??
现在很多文章的有“造假”成分。
这种“造假”只是在一些小地方随便写上去的,并不一定是他的原本实验数据。
引物方面在你合成引物后就有说明书,参照那上面的就可以。
酶与试剂我觉得关系不大。
还有就是你的退火温度与模板质量问题。
退火温度要多摸索!
你的模板也可以用,但最好要纯净的模板!!

作者: maomao1426   发布日期: 2007-11-11
把水或者试剂换一下试试,我上次就是水达不到要求。

作者: GeminiRR   发布日期: 2007-11-11
DNA有拖尾的话,是不是考虑一下是不是有降解?扩不出来的原因很多,主要看一下酶的活性吧,我觉得这个问题比较多一点。

作者: fanxinying6042   发布日期: 2007-11-11
如果提的DNA存在拖尾现象,可以在提完DNA后加一些RNA酶,消除其影响。
我们实验室做PCR时引物浓度为10pmol/ul

作者: 永远没多远   发布日期: 2007-12-03
P不出来的原因太多了,您需要对PCR中的每一种因素加以排除,我个人的经验是一样一样排除,包括总DNA,引物,Taq酶,还有水和Mg例子浓度等,每一样都要设立对照,必要的时候,需要重新来过,包括重新提取DNA,所以,比较麻烦啊。不过,还是祝你一切顺利哦!

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