本人是个初学者，在用Gaussian对化合物进行结构优化并计算相关参数，结构在Chem3D中用MOPAC进行了初优化，并建立了Gaussian的输入文件，在Gaussian中，Route Section部分是这样写的，# AM1/STO-3G Opt(Tight) Pop=(Minimal) Freq Test，但刚开始优化时，就出现了错误：
Severe Error Message ＃ 2070
The processing of the last link ended abnormally
All processing has been aborted.
    输出文件中，最后出错部分如下：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
SLEqS1 Cycle:  1351 Max:0.166114E-05 RMS:0.546909E-06 Conv:0.126014E-09
Incomplete coordinate system.  Try restarting with
Geom=Check Guess=Read Opt=(ReadFC,NewRedundant)
Incomplete coordinate system.
Error termination via Lnk1e in f:\program files\Gaussian\l103.exe at Fri May 18 01:09:36 2007.
Job cpu time:  0 days  0 hours  1 minutes 46.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     11 Int=      0 D2E=      0 Chk=      8 Scr=      1
     请哪位高手帮忙看下，究竟是怎么回事，如何修改。另外Gaussian中如何设置软件使用的默认内存和硬盘啊，我把Gaussian目录下的三个Default文件都修改了，硬盘设了8GB，可每次运行，都还是Maxdisk＝2000M，请高手指点下，多谢了，不胜感激。

可能是找不到合适的数据.尝试增大内存和RWF的空间试一试.能算而算不下去通常都是配置或设置的问题.

Maxdisk＝2000M是电脑默认的，一般改不了吧

设置我已经改为了内存240M，硬盘7G，
-M- 30MW
-#- MaxDisk=7GB
但是仍然算不下去，出错信息还是和上面说得一样，
Incomplete coordinate system
这句话是什么意思啊

AM1可能不需要基组吧。

楼上的说的没错，我已经把命令中基组去了，可仍然还是那个错误，真是郁闷……各位说说是不是坐标有问题啊

你先看看L103的功能？从你的文件看出 L103处终止了！
你的计算体系有多大？金属原子一般需要核冻结！建议去掉Tight，TIGHT收敛严格可能可以容易出错!

我优化的结构如下，想获得HOMO,LUMO,焓（H），熵（S），吉布斯自由能（G），偶极距, Eelec, EZPE,及结构中一个苯环上6个碳原子上的净电荷，哪位能指点一下，命令如何写啊，我是在ChemDraw中建立的结构，Chem3D中用嵌入的MOPAC初优化，然后建立了Gaussian的输入文件。

接受了6楼兄弟的建议，去掉了Tight，现在命令改为了
# RAM1 Opt=Z-matrix Pop=(Minimal) Freq Test
果然L103的错误不再出现了，但是新的问题出现了：
Berny optimization.
Search for a local minimum.
Step number 139 out of a maximum of 139
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)

         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            1.208985     0.000450     NO
RMS     Force            0.262785     0.000300     NO
Maximum Displacement     0.050000     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.010868     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-1.818435D-01
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep= 139
    -- Flag reset to prevent archiving.
                       ----------------------------
                       ! Non-Optimized Parameters !
                       ! (Angstroms and Degrees)  !
----------------------                            ----------------------
!      Name          Value   Derivative information (Atomic Units)     !
------------------------------------------------------------------------
!       R2          1.3879   -DE/DX =    0.0145                        !


……………………………………………………………………………………

WE DON'T KNOW ONE MILLIONTH OF ONE PERCENT ABOUT
ANYTHING.
                                     T. A. EDISON.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in f:\program files\Gaussian\l9999.exe at Fri May 18 23:13:48 2007.

错误似乎是在L9999发生的，似乎迭代的步数超过了最大数，总之，没有出现
Optimization completed.
    -- Stationary point found.
和Normal termination of Gaussian 03 at ……的语句，我觉得，优化还是没有完成，就更不用说后面的单点能和频率的计算了。
哪位能帮忙解释一下可能的错误原因啊，不胜感激！

Gaussian计算出错和对应的解决方法
一

“G98的出错讯息都在用户手册中的‘Gaussian 98的链接’一节中就给出了，常见错误有：
1。输入有误，这没话说了。一般都是L1，L101出错
2。基组有误。特别是刚开始用自定义基组的，或者不知道基组适合范围的，这是L301出错
3。无法收敛、优化和频率计算出错，这就很多了，比如L502，L716，L9999。这就只好具体问题具体分析了。 ”

也就是说，当计算非正常退出时，首先查看文件结束处的说明，比如类似的句子：
Error termination via Lnk1e in /para/soft/g03/l502.exe at Mon Mar 29 16:31:18 2004.
这说明是L502错误，可以在g98 help中的Links，具体看看L502是干吗的，对错误有个初步了解，再查找相应的关键字


二

出错：
我在用OPT的一个参数STEPSIZE的时候，从来没有成功过，不知道是为什么？
# UHF/6-31 OPT(Stepsize=30)
---------------------------
QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.
# UHF/6-31 OPT(STEPSIZE=30)                           '
Last state="OPT2"
TCursr= 9023 LCursr=  15
Error termination via Lnk1e in D:\G98W\l1.exe.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    5 Scr=    1

解决：
STEPSIZE=30 是g98的一个bug。可以用 iop(1/8=30)来实现。



三



出错信息：
输入： B3LYP/gen( SDD for U and 6-311+G(3df) for O )  opt 输出：
The electronic state of the initial guess is 3-SGG.
of initial guess= 2.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-04 within 200 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-02.
Requested convergence on             energy=1.00D-02.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Spurious integrated density or basis function:
NE=   48 NElCor=    0 El error=2.25D-04 rel=4.68D-06 Tolerance=1.00D-03
Shell    25     absolute error=1.91D-02              Tolerance=1.20D-02
Shell    12       signed error=9.34D-05              Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /para/soft/g03/l502.exe at Mon Mar 29 16:31:18 2004.
Job cpu time:  0 days  0 hours  1 minutes  6.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     24 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
解决：
猜想是增加积分网格。



四

出错：
Problem detected with inexpensive integrals.
Switching to full accuracy and repeating last cycle.
Cycle   2  Pass 1  IDiag 1:
Warning!  Spurious integrated density:
NE=  188 NElCor=    0 Integral=  -76.06821 Tolerance=1.00D-03
Consistency failure #2 in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/g98/l502.exe.
Job cpu time:  1 days  3 hours 21 minutes 30.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  118 Int=    0 D2E=    0 Chk=   17 Scr=    1 解决：(from ccl)
As far as I know it's a dft-related error. Gaussian checks the charge
resulting from the integration of the density to the number of electrons,
and in case of a large difference prints this eror message. Try a denser
grid with the "integral" keyword.


五

L9999错误，实际上是在规定的步数内没有完成优化，即还没有找到极小值点。（或者对于过渡态优化，还没有找到过渡态）

这有几种可能性：
1。看一下能量的收敛的情况，可能正在单调减小，眼看有收敛的趋势，这样的情况下，只要加大循环的步数（opt(maxcycle=200)），可能就可以解决问题了。
2。加大循环步数还不能解决的（循环步数有人说超过200再不收敛，再加也不会有用了，这虽然不一定绝对正确，但200步应该也差不多了），有两种可能。一是查看能量，发现能量在振荡了，且变化已经很小了，这时可能重新算一下，或者构型稍微变一下，继续优化，就可以得到收敛的结果（当然也有麻烦的，看运气和经验了）；二是构型变化太大，和你预计的差别过大，这很可能是你的初始构型太差了，优化不知道到哪里去了，这时最好检查一下初始构型，再从头优化。

一个建议是，对于大体系，难收敛体系，先用小基组，低精度算法优化一下，以得到较高的初始构型，再用高精度的计算接着算。如果前面的方法保留了chk文件，重新计算时需要使用 geom=allcheck 读入构型（就不必麻烦地写构型了）， guess=read（读入初始波函数，可以加快第一步SCF收敛）。

谢谢楼上的兄弟的指点，我再试着调整下，这样的帮助对我这样的初学者来说，真是太有益了，版主请帮忙从我这转移20个金币相赠小红豆

出错信息说明你的初始结构不合理，优化计算在规定的迭代次数内无法找到局部最小值。解决办法，一是加大循环次数，二是重新考虑调整初始结构。

学术交流是我们共同的心愿！共同提高才是我们的目标！

我的初始结构是在ChemDraw中建立，然后复制到了Chem3D中，首先通过clear up功能调整了一下，然后由Chem3D中嵌入的MOPAC初优化的，大致如下：

选择Calculations菜单中的MOPAC选项→点击该下拉菜单中“Minimize （Energy/Geometry）”命令，跳出同名的“MOPAC Interface”对话框→Job Type选择“Minimize （Energy/Geometry）”，Method选择“AM1”, Wave function选择“Closed Shell （Restricted）”，Minimum RMS取值修改为0.0001（默认值为0.1），Properties选择all properties  →点击 Run

完成后就在Chem3D中的Gaussian菜单中，建立Input files，保存格式为.gjf

如上面的虫友所说，如果要调整初始结构，应该怎么调整呢，能推荐什么办法么？这方面我知之甚少，望明白的虫友给指点一下。
另外，如果要加大迭代次数，是不是采用 小红豆 虫友建议的(maxcycle=200)，将迭代加到200呢？这个方法我试了，初始结构文件没变，命令由
# RAM1 Opt=Z-matrix Pop=(Minimal) Freq SCF=Tight Test改为了
# RAM1 Opt(maxcycle=200) Pop=(Minimal) Freq Test
但是又出现了最初的错误，即
Berny optimization.
SLEqS1 Cycle:  1351 Max:0.170619E-02 RMS:0.214110E-03 Conv:0.115346E-09
Incomplete coordinate system.  Try restarting with
Geom=Check Guess=Read Opt=(ReadFC,NewRedundant)
Incomplete coordinate system.
Error termination via Lnk1e in f:\program files\Gaussian\l103.exe at Sat May 19 00:54:20 2007.

而这个错误在 Opt=Z-matrix 时就没有，只是到L9999还不能完成，所以看来采用Z-matrix的坐标还是必要的，如果既要采用 Opt=Z-matrix ，又要将迭代次数加到200，命令应该如何写呢，请高手指教一下，谢谢！

如老兄所说，我刚接触Gaussian时，看了好长时间的中文参考书……感觉昏昏吞吞，在这里和大家交流一下，觉的学到的东西更多，明白的更快，呵呵，看来明白人的指点真是必不可少啊

你的出错原因是L999八，计算超过默认最大步数，将以上结构取出用opt(calcfc)再进行计算，应该可以解决问题的

请问楼上的兄弟将结构取出用opt(calcfc)再进行计算，是什么意思阿，如何操作呢？我是个菜鸟，问题可能比较挫，不要介意。

所谓的合理的初始结构是指在现有的化学基础知识之上建立起来的结构，应该使之尽可能的接近能量最低状态，这样计算起来才容易成功。，将你的结构文件打包发上来，大家帮你分析一下。

楼上的虫友说的结构文件是指Gaussian的输入文件么？我的Gaussian输入文件是在Chem3D中经MOPAC预优化，并在Chem3D中建立的，.gjf格式，在Gaussian引入后，由于还需要计算单点能和频率，所以在Route Section中加了
Pop=(Minimal)  和Freq 两个关键词，现在把输入文件传上来，请大家帮忙看看，多谢了!
版主帮忙转移20个金币给yytsnake虫友！

我现在也考虑是不是初始结构就有问题，是不是用MOPAC不够啊？各位虫友有什么好的建议，请指点一下，多谢了！

你的结构明显不合理，肯定不能计算。需要重新建立结构文件。

Incomplete coordinate system问题就出在箭头所指之处，两个氢连接在一起了，所以为不完整体系（不符合化学键的基本原则）。

这样的话，应该如何调整呢，就在Chem3D中修改键长和键角么？调整应该遵循什么原则呢，关于调整，yytsnake能否推荐什么文献或是资料看看呢，多谢了！

整个分子不在同一平面，由两个大的平面构成。附图给出一种可能的结构，另外可能的结构是圈定的平面位于另一平面的上方，再者是圈定的甲基与同一碳上的氢交换位置，这样最少就有四种可能的能量最低结构，究竟哪一个能量最低，要通过计算来验证。

看样子楼主不是纯化学出身，从分子的平面结构式就应该能基本判断出分子3D结构的大致形状，如大的共轭体系应该在一个平面，而SP3杂化的原子肯定不能处与平面位置。再从异构的角度考虑现有的结构能够产生哪些可能的结构，这样分析，问题就比较容易解决了。

确实不是纯化学出身的，而且组里题目都是纯粹的合成工作，从来没有人接触过计算化学的工作，从我这开始也是一个尝试吧，所以有点步履维艰啊，呵呵。非常感谢楼上的虫友，你这样一说，我也想到了确实这么一个大分子，优势构象肯定是不应该是共平面的结构。
请问楼上的虫友，您示例的结构是在Chem3D调整的么？如何调整成那个构型呢？

作计算的初学者一般先用常用的化学结构式绘制软件画出2D结构，然后复制到3D结构显示软件中，先用分子力学方法对初始结构进行优化，如CHEM3D中的MM2方法，然后再用半经验法进行进一步的优化，如MOPAC中的AM1方法，从直观上判断分子是否处于一个相对合理的结构，如果是，再进一步建立更高一级的计算模型，如GAUSSIONr HF从头算法或DFT密度泛函的B3LYP等方法，基组的选择可根据所使用计算机的性能尽可能的选择大一点的基组。
把上面的结构文件发给你，以供参考之用，文件为.MOL格式，可以用CHEM3D、HYPERCHEM或GVIEW打开。

非常感谢楼上的兄弟，用CHEM3D中的MM2，我下午也想到了，并小试了一下，优化后的构型果然有很大变化，明显不再是非平面，目前还没来的及放入Gaussian中。之前没有接触过任何量子化学的课程，我一直以为，MM2是分子力学方法，和量子力学的方法不是一回事，让大家见笑了。
     这段时间接触计算化学，学到了不少东西，要多谢大家的指点，版主帮忙再转移20金币送给yytsnake，最后问一句，楼上的来自济南，是不是山东人啊？

真的有点无奈了……按照yytsnake的建议，我将结构在Chem3D中先用MM2预优化了下，Minimize Energy,Minimun RMS Gradient由0.100改为了0.0001,优化结束后，又用嵌入的MOPAC优化了下，AM1的方法，Minimun RMS 同样为0.0001，之后建立了Gaussian的Input文件，在Gaussian中，Route Section如下：
# RAM1 Opt=(Z-matrix,maxcycle=400,Tight) Pop=(Minimal) Freq SCF=Tight
Test
一咬牙，将maxcycle改为了400，结束了才发现最大就是258，计算仍然没有正常结束，真是晕了，而且错误和之前一样，不同的就是这次是在258个迭代结束后，出错的：
Berny optimization.
Search for a local minimum.
Step number 258 out of a maximum of 258
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Update second derivatives using D2CorN and points159160161162157
………………………………………………………………
Energy Rises -- skip Quadratic search.
Skip linear search -- no minimum in search direction.
Steepest descent instead of Quadratic search.
Maximum step size (   0.050) exceeded in Quadratic search.
    -- Step size scaled by   0.079
Steepest descent step scaled to max of 0.05000.
…………………………………………………………………………………………
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.568052     0.000015     NO
RMS     Force            0.111904     0.000010     NO
Maximum Displacement     0.050000     0.000060     NO
RMS     Displacement     0.009850     0.000040     NO
Predicted change in Energy=-2.965874D-02
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep= 258
    -- Flag reset to prevent archiving.
                       ----------------------------
                       ! Non-Optimized Parameters !
                       ! (Angstroms and Degrees)  !
----------------------                            ----------------------
!      Name          Value   Derivative information (Atomic Units)     !
…………………………………………………………………………………………………………
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in f:\program files\Gaussian\l9999.exe at Tue May 22 00:59:17 2007.
今天是没精力再弄了，睡一觉了先，呵呵，也请大家帮我看看还有什么要修改的，多谢了，我觉得这次初始结构应该没问题，MOPAC预优化后忘记保存了，明天再弄。
另外，yytsnake虫友上面帖子中的附件下载后，解压会出错，似乎有点问题，另外yytsnake虫友能否留个EMail，我将输出文件发给您，帮忙给看看，多谢了！

附件压缩并没有错，出现解压错误是因为我的WINRAR为3.62版，如果用低于该版本的WINRAR解压就会报错。

我急需要Gaussian软件
   请发送 我 邮箱 可以 吗 ？
  g_y_zhou@yahoo.cm.cn
谢谢！

不知道熵在哪里能看到呢

[ Last edited by xiaokeaini83 on 2007-8-22 at 10:11 ]