openeye是一个大型的软件包，对学术用户免费。（license需要每年申请1次）。非学术用户可以申请试用版，免费使用2个月。可以直接在线提交申请，而不必填表格，发传真等。
不过国内申请免费学术用户（就是1年有效期）的license似乎比较费劲，我试了很多次，每次只能申请2个月使用。后来终于给了我一个，不过用了快1年了，也快到期了。
openeye可以做的分子模拟有：分子文件格式转化（babel），构象搜索（omega），构象叠合（rocs），刚性分子对接及虚拟筛选（fred），分子对接后再优化（szybki），相似性搜索（EON），类药性搜索（filter)等等。vida是很不错的可视化界面。
不过没有直接的药效团模型构建工具。
由于fred是刚性对接程序，所以在运行前需要先用omega进行构象搜索。如果使用fred对已经进行构象搜索的配体数据库进行虚拟筛选，速度会非常快。
openeye软件包也可以和comfa结合使用。可以先用omega进行构象搜索，然后用rocs进行分子叠合，然后就可以用叠合的分子进行comfa计算。
openey可以在各种平台运行，包括windows（需要cygwin），linux，sgi irix等。其中各个模块可以分别下载，然后解压在同一个目录中。下载后，和openeye公司申请license，定义环境变量，就可以使用了。
license是通用的，就是同一个在有效期内的license可以在任何平台的任何一台电脑上使用。当然，可能需要根据windows或者linux，改变一下文件的格式。比如在linux下，需要把dos格式的license文件用dos2linux命令改为unix格式。
大家可以把申请的license共享，这样每两个月申请一次，大家就都可以很方便的使用。
在jmc2005年，曾经有报道用fred结合dock、surflex进行虚拟筛选的研究。
下载链接：
http://www1.webng.com/docs/jmc2005_fred,dock,surflex.pdf
在线申请免费试用license：
http://www.eyesopen.com/forms/eval_request.php
各个平台下的可执行文件从这里下载：
http://www.eyesopen.com/download/
如果觉得好就给个评价，兄弟日后会把这几个软件的教程慢慢的总结过来。
