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[求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
作者: jlz3278 发布日期: 2008-04-15
如题，AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
先谢谢了:)
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相关回复：
作者: cloudsea163 发布日期: 2008-04-12
首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb
作者: jlz3278 发布日期: 2008-04-12
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？
作者: snoopyzhao 发布日期: 2008-04-12
mol -> pdb 可以用 babel / openbabel 啊
作者: jlz3278 发布日期: 2008-04-12
QUOTE: Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？ 谢谢:)
作者: montclimber 发布日期: 2008-04-14
QUOTE: Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？ Chem3D就可以.
作者: jlz3278 发布日期: 2008-04-14
QUOTE: Originally posted by montclimber at 2008-4-14 14:34:
Chem3D就可以. 非常感谢:P
作者: luai071 发布日期: 2008-04-14
QUOTE: Originally posted by cloudsea163 at 2008-4-12 09:42:
首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt ... 好像没有这么麻烦吧，只用get-dockings name.dlg，则会在目录下自动生成name.pdb文件。
作者: xd200620940 发布日期: 2008-04-14
各位大虾啊
请个说下对接结束后，如何分析呢？
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